Disputas: Hilde Synnøve Vollan - Bioinformatikk, mikrobiologi og molekylærbiologi

Siv.ing. Hilde Synnøve Vollan ved Institutt for klinisk medisin vil forsvare sin avhandling for graden philosophiae doctor (ph.d.): In silico analyzes of porins involved in niche adaptation: Exploring the role of Helícobacter pylori outer membrane phospholipase A in acid tolerance.

Foto: Erik Gjerdrum

Tid og sted for prøveforelesning

Se prøveforelesning.

Bedømmelseskomité

  • 1. opponent: Førsteamanuensis Anna Arnqvist, Institutionen för medicinsk kemi och biofysik, Umeå universitet, Umeå, Sverige
  • 2. opponent: Professor Ingebrigt Sylte, Institutt for medisinsk biologi, Farmakologisk avdeling, Universitetet i Tromsø
  • 3. medlem av bedømmelseskomiteen: Professor Fredrik Müller, Avdeling for mikrobiologi, Institutt for klinisk medisin, Det medisinske fakultete, Universitetet i Oslo

Disputasleder

Professor Tone Tønjum, Klinikk for laboratoriemedisin, Institutt for klinisk medisin, Det medisinske fakultet, Universitetet i Oslo

Hovedveileder

Professor Geir Bukholm, Folkehelseinstituttet, Oslo

Sammendrag

Den evolusjonære utviklingen til magesårsbakterien Helicobacter pylori er avhengig av å raskt kunne tilpasse seg endringer i omgivelsene. Bakterien har derfor utviklet en rekke mekanismer som kodes av bakteriens gener. Noen av disse genene, som pldA, kan skrus av eller på ved hjelp av en mekanisme som kalles fasevariasjon. H. pylori pldA genet koder for et intakt eller et avkortet OMPLA (outer membrane phospholipase A) protein. OMPLA finnes i yttermembranen hos ulike bakteriearter og er et enzym (dvs. protein som fremskynder biokjemiske reaksjoner) som kan bryte ned deler av membranen. Enzymet aktiveres vanligvis kun under ekstreme forhold. Vår forskningsgruppe har vist at H. pylori må ha et intakt OMPLA protein for å kunne overleve i surt miljø, men enzymaktivitet er nødvendig.

For bedre å forstå hvilke roller OMPLA kan spille i et surt miljø, ble ytremembranproteiner analysert. Det ble spesielt fokusert på poreaktiviteten hos porin-familien. De fleste proteinene viste seg å være multifunksjonelle hvor kun små endringer kreves for at bakterien kan tilpasse seg nye omgivelser. Tredimensjonale OMPLA modeller tyder på at i tillegg til å fungere som et enzym, kan proteinet også ha en poreaktivitet. Vår hypotese er at OMPLA har en rolle i håndteringen av syre. Analysene tyder på at OMPLA er involvert i urea metabolismen som er nødvendig for H. pylori syretoleranse. Denne studien tyder på at OMPLA er et nisje-tilpasset protein med pore-egenskaper for urea-opptak og ammoniakk-utskillelse. Denne modellen kan være pragmatisk for alle gastriske Helicobacter arter. Dette arbeidet vil benyttes i videre forskning som forebygger magesår og magekreft forårsaket av H. pylori.

For mer informasjon

Kontakt gruppe for forskerutdanning.

 

Publisert 5. feb. 2018 09:37 - Sist endret 5. feb. 2018 10:26