English version of this page

Bioinformatikk og systemimmunologi

Vårt immunsystem beskytter kroppen mot sykdomsfremmende mikroorganismer. Dette gjøres blant annet ved hjelp av immunreseptorer på B- og T-celler som kalles antistoffer og T-cellereseptorer.

Vi har et nærmest uendelig stort repertoar av forskjellige antigenreseptorer som med høy treffsikkerhet kan gjenkjenne nesten ethvert tenkelig fremmed molekyl, især protein, som vi måtte komme i kontakt med.

Vårt forskningsfokus er å forstå mekanismene bak hvordan et begrenset antall reseptorer velges fra et veldig stort repertoar til å gjenkjenne et bestemt fremmed molekyl.

Vi leter etter skjulte mønstre i reseptorsekvensene ved å kombinere bioinformatikk og maskinlæring på store data generert fra dyp DNA sekvensering og immunoproteomikk.

Vårt ultimate mål er å kunne forutse hva immunreseptorene kan binde til, ved å se på DNA- sekvensene og proteinenes oppbygning. 

En slik «dekoding» av reseptorspesifisitet kan gi en enestående mulighet til å forstå mekanismene for immunsystemet, og være et enormt framskritt mot å kunne bruke datateknologi til å fremstille antistoffer og T-cellereseptorer (monoklonale antistoffer, CAR T-cellereseptorer) som kan brukes som terapi for pasienter.

Utvalgte publikasjoner

  • Victor Greiff*, Cédric Weber*, Johannes Palme, Ulrich Bodenhofer, Enkelejda Miho, Ulrike Menzel, Sai T. Reddy, Learning the high-dimensional immunogenomic features that predict public and private antibody repertoires.  Journal of Immunology (2017)
  • Victor Greiff,* Ulrike Menzel*, Enkelejda Miho, Cédric Weber, Rene ́ Riedel, Skylar C. Cook, Atijeh Valai, Telma Carrilho Videira Awouters, Thomas H. Winkler and Sai T. Reddy, Systems analysis reveals high genetic and antigen- driven predetermination of antibody repertoires throughout B-cell development. Cell Reports (2017)
  • Victor Greiff, Pooja Bhat, Skylar C. Cook, Ulrike Menzel, Wenjing Kang, and Sai T. Reddy A bioinformatic framework for immune repertoire diversity profiling enables detection of immunological status, Genome Medicine (2015)
  • Victor Greiff*, Ulrike Menzel*, Ulrike Haessler, Skylar Cook, Simon Friedensohn, Tarik A. Khan, Mark Pogson, Ina Hellmann, and Sai T. Reddy Quantitative assessment of the robustness of next-generation sequencing of antibody variable gene repertoires from immunized mice, BMC Immunology (2014)
  • Victor Greiff*, Henning Redestig*, Juliane Lück, Nicole Bruni, Atijeh Valai, Susanne Hartmann, Sebastian Rausch, Johannes Schuchhardt, and Michal Or-Guil, A minimal model of peptide binding predicts ensemble properties of serum antibodies, BMC Genomics (2012)
Publisert 6. okt. 2017 12:48 - Sist endret 6. okt. 2017 12:49