Bioinformatikkgruppen
Bioinformatikkgruppen ved Avdeling for Mikrobiologi er en forskningsgruppe som arbeider med både anvendt bioinformatikk og utvikling av nye metoder og verktøy.
Om gruppen
Gruppen er en av 13 forskningsgrupper i Centre for Molecular Biology and Neuroscience (CMBN). Bioinformatikkgruppen er lokalisert i 10. etasje i Ole-Johan Dahls hus sammen med forskningsgruppen for Biomedisinsk Informatikk ved Institutt for Informatikk ved Universitetet i Oslo. Vi samarbeider med biologer og medisinere i mange andre forskningsgrupper ved UiO og OUS, men er spesielt interessert i feltet DNA-reparasjon hvor vi jobber sammen med andre grupper i CMBN.
Det er hovedsakelig DNA- og proteinsekvenser vi arbeider med, samt tredimensjonale modeller av proteiners struktur. De nyeste teknologiene for DNA-sekvensering kan produsere store mengder sekvensdata som vi analyserer som en del av flere forskningsprosjekter. Bioinformatikkgruppen analyserer også data som er offentlig tilgjengelig i forskjellige databaser og prøver å trekke ny informasjon ut av disse. Tidligere har vi oppdaget mange humane DNA-reparasjonsgener gjennom likhet med lignende proteiner hos bakterier. Vi har utviklet flere dataverktøy for raske søk i sekvensdatabaser (bl.a. PARALIGN og SWIPE) og verktøy for identifisering av ribosomale RNA gener i genomiske sekvenser (RNAmmer).
Gruppen har også utviklet OUS sin publikasjonsdatabase Publika og har utviklet forfatternettverket som benyttes i Coremine Medical.
Vi arbeider også med strukturbioinformatikk for eksempel ved å modellere proteiners struktur og predikere effekten av mutasjoner på et proteins egenskaper. F.eks. har vi arbeidet med PCSK9-proteinet som er involvert i cellenes metabolisme av kolesterol.
Les mer om bioinformatikkgruppens arbeid på OUS’ forskningsweb og på CMBNs hjemmesider.