English version of this page

Genomikk og metagenomikk ved inflammasjonssykdom

Gruppens hovedmål er å karakterisere og forstå hvordan forandringer i det humane genom og bakteriefloraen i tarmen påvirker risikoen for primær skleroserende cholangitt (PSC) og cholangiocarcinom (gallegangskreft) ved PSC.

Vi benytter moderne genotyping- og sekvenseringsteknikker i tverrsnitt- og intervensjonsstudier.

Førstegradsslektninger av pasienter med PSC har økt risiko for å få sykdommen, noe som tyder på at genetiske faktorer er av betydning for sykdomsutviklingen. Ved å studere gener som er assosiert med sykdommen, og deres funksjon, håper vi å oppnå en bedre forståelse for sykdomsmekanismene, og hvordan disse kan stoppes.

Siden mange PSC pasienter også har andre betennelsessykdommer, hovedsakelig inflammatorisk tarmsykdom, men også typiske autoimmune sykdommer som type 1 diabetes og reumatoid artritt, er vi også interessert i disse sykdomsgruppene.

Bakteriefloraen (mikrobiotaen) i tarmen er sannsynligvis et av kroppens viktigste organer og består mange flere celler enn kroppen selv. Mikrobiotaen har betydning både for normal utvikling og en rekke sykdomstilstander.

Studier

Pågående studier tar sikte på å karakterisere hvordan sammensetningen av mikrobiotaen hos PSC pasienter påvirker immunregulering, omsetningen av gallesyrer og medikamenter.

En viktig del av forskningsaktivitetene er standardisering av metoder knyttet til sentrale utfordringer i feltet, som studiedesign, prøvetaking og prøvehåndtering, sekvenseringsteknologi og bioinformatikk.

PSC pasienter har 10-20% livstidsrisiko for å få kreft i gallegangene. Få andre betennelsestilstander har en like høy risiko for utvikling av kreft, og det å identifisere genetiske og epigenetiske forandringer som bidrar til dette er av stor betydning.

I tillegg til å forstå patogenesen av gallegangskreft, kan kreftgenetikk og epigenetikk tjene som diagnostiske og prognostiske markører .

Samarbeidspartnere

  • Andre Franke, Institute of Clinical Molecular Biology, Christian Albrecht's University, Kiel, Germany
  • Fredrik Bäckhed and Hanns-Ulrich Marschall, Wallenberg Laboratory, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden
  • Karsen Kristiansen (University of Copenhagen) and Susanne Brix (Denmark's Technical University), Copenhagen, Denmark

Utvalgte publikasjoner

  • Alberts R, de Vries EMG, Goode EC, Jiang X, Sampaziotis F, Rombouts K, Böttcher K, Folseraas T, Weismüller TJ, Mason AL, Wang W, Alexander G, Alvaro D, Bergquist A, Björkström NK, Beuers U, Björnsson E, Boberg KM, Bowlus CL, Bragazzi MC, Carbone M, Chazouillères O, Cheung A, Dalekos G, Eaton J et al. (2017) Genetic association analysis identifies variants associated with disease progression in primary sclerosing cholangitis. Gut (in press)
  • de Muinck EJ, Trosvik P, Gilfillan GD, Hov JR, Sundaram AYM (2017) A novel ultra high-throughput 16S rRNA gene amplicon sequencing library preparation method for the Illumina HiSeq platform Microbiome, 5 (1), 68
  • de Vries EMG, Färkkilä M, Milkiewicz P, Hov JR, Eksteen B, Thorburn D, Chazouillères O, Pares A, Nygård S, Gilja OH, Wunsch E, Invernizzi P, Carbone M, Bernuzzi F, Boberg KM, Røsjø H, Rosenberg W, Beuers UH, Ponsioen CY, Karlsen TH, Vesterhus M (2017) Enhanced liver fibrosis test predicts transplant-free survival in primary sclerosing cholangitis, a multi-centre study Liver Int, 37 (10), 1554-1561
  • Haissman JM, Haugaard AK, Ostrowski SR, Berge RK, Hov JR, Trøseid M, Nielsen SD (2017) Microbiota-dependent metabolite and cardiovascular disease marker trimethylamine-N-oxide (TMAO) is associated with monocyte activation but not platelet function in untreated HIV infection BMC Infect Dis, 17 (1), 445
  • Henriksen EKK, Viken MK, Wittig M, Holm K, Folseraas T, Mucha S, Melum E, Hov JR, Lazaridis KN, Juran BD, Chazouillères O, Färkkilä M, Gotthardt DN, Invernizzi P, Carbone M, Hirschfield GM, Rushbrook SM, Goode E, UK-PSC Consortium, Ponsioen CY, Weersma RK, Eksteen B, Yimam KK, Gordon SC, Goldberg D et al. (2017) HLA haplotypes in primary sclerosing cholangitis patients of admixed and non-European ancestry HLA, 90 (4), 228-233
  • Hov JR, Karlsen TH (2017) The Microbiome in Primary Sclerosing Cholangitis: Current Evidence and Potential Concepts Semin Liver Dis, 37 (4), 314-331
  • Hov JR, Kummen M (2017) Intestinal microbiota in primary sclerosing cholangitis Curr Opin Gastroenterol, 33 (2), 85-92
  • Jahnsen FL, Bækkevold ES, Hov JR, Landsverk OJ (2017) Do Long-Lived Plasma Cells Maintain a Healthy Microbiota in the Gut? Trends Immunol (in press)
  • Koch M, Freitag-Wolf S, Schlesinger S, Borggrefe J, Hov JR, Jensen MK, Pick J, Markus MRP, Höpfner T, Jacobs G, Siegert S, Artati A, Kastenmüller G, Römisch-Margl W, Adamski J, Illig T, Nothnagel M, Karlsen TH, Schreiber S, Franke A, Krawczak M, Nöthlings U, Lieb W (2017) Serum metabolomic profiling highlights pathways associated with liver fat content in a general population sample Eur J Clin Nutr, 71 (8), 995-1001
  • Lunder AK, Jahnsen J, Bakstad LT, Borthne A, Hov JR, Vatn M, Negård A, IBSEN Study Group (2017) Bowel Damage in Patients With Long-term Crohn's Disease, Assessed by Magnetic Resonance Enterography and the Lémann Index Clin Gastroenterol Hepatol, 16 (1), 75-82.e5
  • Mayerhofer CCK, Ueland T, Broch K, Vincent RP, Cross GF, Dahl CP, Aukrust P, Gullestad L, Hov JR, Trøseid M (2017) Increased Secondary/Primary Bile Acid Ratio in Chronic Heart Failure J Card Fail, 23 (9), 666-671
  • Rühlemann MC, Degenhardt F, Thingholm LB, Wang J, Skiecevičienė J, Rausch P, Hov JR, Lieb W, Karlsen TH, Laudes M, Baines JF, Heinsen FA, Franke A (2017) Application of the distance-based F test in an mGWAS investigating β diversity of intestinal microbiota identifies variants in SLC9A8 (NHE8) and 3 other loci Gut Microbes, 1-8 (in press)
  • Tronstad RR, Kummen M, Holm K, von Volkmann HL, Anmarkrud JA, Høivik ML, Moum B, Gilja OH, Hausken T, Baines J, Karlsen TH, Fiskerstrand T, Hov JR (2017) Guanylate Cyclase C Activation Shapes the Intestinal Microbiota in Patients with Familial Diarrhea and Increased Susceptibility for Crohn's Disease Inflamm Bowel Dis, 23 (10), 1752-1761
  • Vesterhus M, Holm A, Hov JR, Nygård S, Schrumpf E, Melum E, Thorbjørnsen LW, Paulsen V, Lundin K, Dale I, Gilja OH, Zweers SJLB, Vatn M, Schaap FG, Jansen PLM, Ueland T, Røsjø H, Moum B, Ponsioen CY, Boberg KM, Färkkilä M, Karlsen TH, Lund-Johansen F (2017) Novel serum and bile protein markers predict primary sclerosing cholangitis disease severity and prognosis J Hepatol, 66 (6), 1214-1222
  • Volkmann ER, Hoffmann-Vold AM, Chang YL, Jacobs JP, Tillisch K, Mayer EA, Clements PJ, Hov JR, Kummen M, Midtvedt Ø, Lagishetty V, Chang L, Labus JS, Molberg Ø, Braun J (2017) Systemic sclerosis is associated with specific alterations in gastrointestinal microbiota in two independent cohorts BMJ Open Gastroenterol, 4 (1), e000134

 

Publisert 4. feb. 2014 15:41 - Sist endret 19. sep. 2018 11:17

Kontakt

Gruppeleder