Kjemisk biologi-plattforma hos NCMM

Johannes Landskron, leiar for kjemisk biologi-plattforma hos NCMM, deler med oss noko av kunnskapen sin om korleis plattforma fungerer, og kvifor ho er så viktig for forskarar.

Foto av Kjemisk biologi-plattforma

Kjemisk biologi-plattforma hos NCMM. Foto: Nadia Frantsen

Kan du fortelje meg litt om kva rolle du har?

Eg har ansvaret for kjemisk biologi-plattforma hos NCMM. Vi er ein kjernefasilitet med eit team på tre personar, inkludert meg sjølv og to ingeniørar. Den eine av dei har ein bakgrunn innanfor bioteknologi og den andre ein doktorgrad i organisk kjemi.

Johannes Landskron
Johannes Landskron, leiar for kjemisk biologi-plattforma hos NCMM

Vi tilbyr alle typar tenester knytt til høgkapasitets kjemisk biologi-screening til akademiske grupper og industrien, hovudsakleg små og mellomstore bedrifter. Ein stor del av det daglege arbeidet mitt er av administrativ art, og går ut på å halde infrastrukturen ved lag, koordinere aktivitetar med partnerfasilitetane i nasjonale og internasjonale samanslutningar, og administrere brukartilgang i samband med dei ulike prosjekta vi driv på ulike nivå. Det kan vere alt frå å halde innleiande møte til å skissere eksperiment, og oppsummere endelege rapportar. Eg prøver likevel å delta i laboratoriearbeid og dataanalyse når det er mogleg.

Korleis kom du dit du er i dag?

Eg byrja karrieren min frå ein litt annan kant, med ein doktorgrad i molekylærbiologi. Prosjektet mitt var knytt til den molekylære mekanismen som ligg til grunn for døgnrytmen hos fruktfluger. Eg byrja faktisk med ein genetisk screening for å identifisere hittil ukjente gen som viste ein profil med eit cirkadisk uttrykk.

Etter å ha fullført doktorgraden, flytta eg frå den sørlege delen av Tyskland til Noreg og byrja i laboratoriet til Kjetil Taskén. Her arbeidde eg innan kreft- og immunlogiforsking, der vi hovudsakleg nytta væskestraumcytometri. På denne tida var eg involvert i ei rekkje prosjekt og samarbeid, også med plattforma innanfor kjemisk biologi. Det innebar arbeid med analysar og med å utvikle legemiddel. Arbeidet mitt gjekk ut på å gjere klar høgkapasitets væskestraumcytometri for screening, og å kartleggje kva verknader ulike sambindingar hadde på cellulære signalnettverk. Dette var eit EU-prosjekt som blei kalla “Marine Fungi – Natural Products from Marine Fungi for the Treatment of Cancer.” I byrjinga av 2017 byrja eg i den noverande stillinga mi som leiar for kjemisk biologi-plattforma hos NCMM.

Kva for tenester tilbyr plattforma for høgkapasitets kjemisk biologi-screening? 

Høgkapasitets kjemisk biologi-screening (Chemical Biology High Throughput Screening (HTS)) er kort fortalt ei rask, automatisert testing av tusenvis av kjemiske substansar i biologiske system for å identifisere såkalla “suksess-sambindingar” som viser ein ønskt effekt. Det biologiske systemet kan derfor vere alt frå ei blokkering av ein bestemt enzymaktivitet, til å indusere distinkte fenotypar i visse celler. Screening er derfor som standard det første trinnet i kampanjar for legemiddelutvikling.

Hovudoppgåva til NCMM er å implementere denne typen screeningar for brukarane våre for deira spesifikke mål. Det inneber å utvikle og automatisere analysen, utføre screeninga, dataanalyse, lage ei liste over suksess-sambindingar og validere desse. Vi støttar eit omfattande og stadig veksande spekter av ulike analysar og deteksjonsplattformer, som dreier seg om alt frå standard platelesarar til cellebaserte multiparameter-screeningar, også kalla “screeningar med høgt innhald”, som høgkapasitetes væskestraum-/biletdiagnostikk-cytometri.

Samlinga av sambindingar som vi tilbyr, består av ~70000 ulike sambindingar, organiserte i ei rekkje ulike samlingar for bestemte føremål, som reposisjonering av legemiddel - for å nemne berre éi av dei. Ved nye prosjekt vil vi gjerne bli involverte så tidleg som mogleg. Det kan vere så tidleg som under søknadsskrivinga, der vi kan komme med innspel knytt til materialar og metodar, og ordne med støttebrev.

I tillegg til å tilby ein “fullstendig høgkapasitets screening-pakke”, kan vi sjølvsagt òg hjelpe brukarane med ulike typar lab-automatisering, væskehandtering, oppbevaring av kjemiske stoff, dataanalyse eller ganske enkelt gi tilgang til instrumenteringa vår (platelesarar, høgkapasitets flowcytometer, biletdiagnostikk-cytometer) og tilgang til nettverket vårt.

Korleis hjelper du forskarane? 

Tenestene vi tilbyr, er svært spesialiserte. Dei krev svært kostbart laboratorieutstyr (både når det gjeld innkjøp og vedlikehald), store samlingar av kjemiske sambindingar, bioinformatikk-løysingar og høgspesialisert personell. Dei typane av analysar vi utfører for brukarane våre, kan med andre ord utførast berre i ein dedikert infrastruktur, og ville elles ikkje ha vore tilgjengelege for akademiske forskingsgrupper og små og mellomstore bedrifter. Vi er i tillegg del av ei svært aktiv og inspirerande nasjonal og internasjonal samanslutning. Det vil seie at vi kan vi dele kjemiske sambindingar, kunnskap og teknologiar, drive utvekslingsprogram for tilsette og så vidare.

Vi er ein del av den norske nasjonale forskingsinfrastrukturen “NOR-Openscreen” (som òg blir administrert her hos NCMM), som igjen er ein del av Nordic Chemical Biology Consortiumsaman med Sverige, Danmark og Finland, og EU-Openscreen. EU-Openscreen blei utnemnt som europeisk samanslutning for forskingsinfrastruktur (European Research Infrastructure Consortium) våren 2018, og åtte av medlemslanda er for tida med her. Brukarane våre har nytte av nettverket på mange måtar, både direkte og indirekte. Etter at eit screening-prosjekt er fullført hos oss, kan det vidareførast hos ein av partnarane våre. NOR-Openscreen-noden i Bergen kan til dømes tilby kjemi-informatikk for prosjekt, og ein kan òg få tilgang til dedikerte medisinal kjemi-nodar i EU-Openscreen.

Kva likar du best ved den rolla du har?

Det er fleire ting eg verkeleg likar ved rolla mi. Det kjem heile tida inn interessante prosjekt, og det er alltid ei glede å delta i framifrå forsking i samarbeid med inspirerande forskarar. Eg likar òg svært godt den nettverksbygginga som rolla mi inneber. Det å arbeide saman med andre forskarar i internasjonale og nasjonale samanslutningar, dele fagkunnskap og organisere utveksling av personale, alt dette gjer jobben min variert og interessant. Og sist, men ikkje minst, så likar eg godt å “leike meg” med robotane og utstyret vårt, sjølv om eg nesten ikkje får tid til å gjere det nett no.

Kva har vore høgdepunktet i karrieren din så langt?

Det spørsmålet er det alltid vanskeleg å svare på. Eg trur ikkje eg kan peike på eit spesifikt “høgdepunkt”. Det dreier seg heller om fleire ulike hendingar. Ein eineståande augneblink var oppdaginga av ein bestemt mutasjon i ein kohort med kreftpasientar, sjølv om dette funnet diverre ikkje kunne definerast nøyaktig. Det å gå inn i eit samarbeid med dei andre gruppene som bringa inn fleire pasientkohortar til studien, var verkeleg ei stor oppleving. I dei siste 20 åra har det vore liknande hendingar for denne svært sjeldne mutasjonen i tilknyting til fleire ulike sjukdomar. Eg meiner derfor framleis at denne mutasjonen har stor innverknad. Det vil likevel vere svært vanskeleg å finne ut av han, og dette vil krevje mykje større kohortar og ein annan type pasientoppfølging.

Kva ville du ha drive med dersom du ikkje jobba med forsking?

Eg er svært glad i arbeidet mitt, så det er litt vanskeleg å seie! Eg byrja med ølbrygging for eit par år sidan, og kanskje det kunne ha vore moro å gjere noko innanfor dette feltet, som å drive eit mikrobryggjeri, viss det var slik at eg måtte gjere noko anna.

Dersom du vil vite meir, til dømes om kva for tenester som er tilgjengelege, kan du gå til nettsida for plattforma for kjemisk screening.

 

Publisert 6. juli 2018 13:41 - Sist endret 13. juli 2018 12:27