English version of this page

Genomikk og metagenomikk ved inflammasjonssykdom

Gruppens hovedmål er å karakterisere og forstå hvordan tarmfloraen påvirker kroniske betennelsessykdommer, med et særlig fokus på leversykdommen primær skleroserende cholangitt (PSC) og inflammatorisk tarmsykdom (IBD) som er assosiert med PSC.

Forskningsgruppen studerer i hvilken grad tarmfloraen påvirker kroniske betennelsessykdommer, med et særlig fokus på leversykdommen primær skleroserende cholangitt (PSC) og inflammatorisk tarmsykdom (IBD) som er assosiert med PSC.

Vi studerer tarmfloraen særlig ved hjelp av genetiske (sekvensering) og biokjemiske (metabolittundersøkeleser) metoder, og benytter tverrsnittsstudier, oppfølgingsstudier og behandlingsforsøk.

Vi undersøker også betydningen av tarmfloraen eksperimentelt i dyremodeller. Hovedmålet er å lete etter sykdomsårsaker, men med et særlig fokus på å etablere klinisk tarmfloramedisin som et eget felt med vekt på biomarkører og behandling.

Studier

Pågående studier tar sikte på å karakterisere hvordan sammensetningen av mikrobiotaen hos PSC pasienter påvirker immunregulering, omsetningen av gallesyrer og medikamenter.

En viktig del av forskningsaktivitetene er standardisering av metoder knyttet til sentrale utfordringer i feltet, som studiedesign, prøvetaking og prøvehåndtering, sekvenseringsteknologi og bioinformatikk.

PSC pasienter har 10-20% livstidsrisiko for å få kreft i gallegangene. Få andre betennelsestilstander har en like høy risiko for utvikling av kreft, og det å identifisere genetiske og epigenetiske forandringer som bidrar til dette er av stor betydning.

I tillegg til å forstå patogenesen av gallegangskreft, kan kreftgenetikk og epigenetikk tjene som diagnostiske og prognostiske markører.

Samarbeidspartnere

  • Andre Franke, Institute of Clinical Molecular Biology, Christian Albrecht's University, Kiel, Germany
  • Fredrik Bäckhed and Hanns-Ulrich Marschall, Wallenberg Laboratory, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden
  • Karsen Kristiansen (University of Copenhagen) and Susanne Brix (Denmark's Technical University), Copenhagen, Denmark

Utvalgte publikasjoner

  • Role of microbiome in autoimmune liver diseases. Schneider KM, Kummen M, Trivedi PJ, Hov JR. Hepatology. 2023 Jun 27. doi: 10.1097/HEP.0000000000000506. Online ahead of print. PMID: 37369002

  • Clinical and biochemical impact of vitamin B6 deficiency in primary sclerosing cholangitis before and after liver transplantation. Braadland PR, Bergquist A, Kummen M, Bossen L, Engesæter LK, Reims HM, Björk I, Grzyb K, Abildgaard A, Småstuen MC, Folseraas T, Trøseid M, Ulvik A, Ueland PM, Melum E, Line PD, Høivik ML, Grønbæk H, Karlsen TH, Vesterhus M, Hov JR. J Hepatol. 2023 Oct;79(4):955-966. doi: 10.1016/j.jhep.2023.05.038. Epub 2023 Jun 14. PMID: 37328069
  • The microbiota and the gut-liver axis in primary sclerosing cholangitis. Hov JR, Karlsen TH. Nat Rev Gastroenterol Hepatol. 2023 Mar;20(3):135-154. doi: 10.1038/s41575-022-00690-y. Epub 2022 Nov 9. PMID: 36352157 Review.
  • Suppression of bile acid synthesis as a tipping point in the disease course of primary sclerosing cholangitis. Braadland PR, Schneider KM, Bergquist A, Molinaro A, Lövgren-Sandblom A, Henricsson M, Karlsen TH, Vesterhus M, Trautwein C, Hov JR, Marschall HU. JHEP Rep. 2022 Aug 18;4(11):100561. doi: 10.1016/j.jhepr.2022.100561. eCollection 2022 Nov. PMID: 36176935 Free PMC article.
  • A shared mucosal gut microbiota signature in primary sclerosing cholangitis before and after liver transplantation. Hole MJ, Jørgensen KK, Holm K, Braadland PR, Meyer-Myklestad MH, Medhus AW, Reikvam DH, Götz A, Grzyb K, Boberg KM, Karlsen TH, Kummen M, Hov JR. Hepatology. 2023 Mar 1;77(3):715-728. doi: 10.1002/hep.32773. Epub 2023 Feb 17. PMID: 36056902 Free PMC article.
  • Altered Gut Microbial Metabolism of Essential Nutrients in Primary Sclerosing Cholangitis. Kummen M, Thingholm LB, Rühlemann MC, Holm K, Hansen SH, Moitinho-Silva L, Liwinski T, Zenouzi R, Storm-Larsen C, Midttun Ø, McCann A, Ueland PM, Høivik ML, Vesterhus M, Trøseid M, Laudes M, Lieb W, Karlsen TH, Bang C, Schramm C, Franke A, Hov JR. Gastroenterology. 2021 Apr;160(5):1784-1798.e0. doi: 10.1053/j.gastro.2020.12.058. Epub 2020 Dec 31. PMID: 33387530 Free PMC article.
  • Rosuvastatin alters the genetic composition of the human gut microbiome. Kummen M, Solberg OG, Storm-Larsen C, Holm K, Ragnarsson A, Trøseid M, Vestad B, Skårdal R, Yndestad A, Ueland T, Svardal A, Berge RK, Seljeflot I, Gullestad L, Karlsen TH, Aaberge L, Aukrust P, Hov JR. Sci Rep. 2020 Mar 25;10(1):5397. doi: 10.1038/s41598-020-62261-y. PMID: 32214138 Free PMC article. Clinical Trial.
  • Anti-GP2 IgA autoantibodies are associated with poor survival and cholangiocarcinoma in primary sclerosing cholangitis. Jendrek ST, Gotthardt D, Nitzsche T, Widmann L, Korf T, Michaels MA, Weiss KH, Liaskou E, Vesterhus M, Karlsen TH, Mindorf S, Schemmer P, Bär F, Teegen B, Schröder T, Ehlers M, Hammers CM, Komorowski L, Lehnert H, Fellermann K, Derer S, Hov JR, Sina C. Gut. 2017 Jan;66(1):137-144. doi: 10.1136/gutjnl-2016-311739. Epub 2016 Jul 12. PMID: 27406039
  • Prevalence of Sclerosing Cholangitis Detected by Magnetic Resonance Cholangiography in Patients With Long-term Inflammatory Bowel Disease. Lunder AK, Hov JR, Borthne A, Gleditsch J, Johannesen G, Tveit K, Viktil E, Henriksen M, Hovde Ø, Huppertz-Hauss G, Høie O, Høivik ML, Monstad I, Solberg IC, Jahnsen J, Karlsen TH, Moum B, Vatn M, Negård A. Gastroenterology. 2016 Oct;151(4):660-669.e4. doi: 10.1053/j.gastro.2016.06.021. Epub 2016 Jun 21. PMID: 27342213
  • The gut microbial profile in patients with primary sclerosing cholangitis is distinct from patients with ulcerative colitis without biliary disease and healthy controls. Kummen M, Holm K, Anmarkrud JA, Nygård S, Vesterhus M, Høivik ML, Trøseid M, Marschall HU, Schrumpf E, Moum B, Røsjø H, Aukrust P, Karlsen TH, Hov JR. Gut. 2017 Apr;66(4):611-619. doi: 10.1136/gutjnl-2015-310500. Epub 2016 Feb 17. PMID: 26887816
  • The gut microbiota contributes to a mouse model of spontaneous bile duct inflammation. Schrumpf E, Kummen M, Valestrand L, Greiner TU, Holm K, Arulampalam V, Reims HM, Baines J, Bäckhed F, Karlsen TH, Blumberg RS, Hov JR, Melum E. J Hepatol. 2017 Feb;66(2):382-389. doi: 10.1016/j.jhep.2016.09.020. Epub 2016 Oct 5. PMID: 27720803 Free PMC article.
  • Altered gut microbiota profile in common variable immunodeficiency associates with levels of lipopolysaccharide and markers of systemic immune activation. Jørgensen SF, Trøseid M, Kummen M, Anmarkrud JA, Michelsen AE, Osnes LT, Holm K, Høivik ML, Rashidi A, Dahl CP, Vesterhus M, Halvorsen B, Mollnes TE, Berge RK, Moum B, Lundin KE, Fevang B, Ueland T, Karlsen TH, Aukrust P, Hov JR. Mucosal Immunol. 2016 Nov;9(6):1455-1465. doi: 10.1038/mi.2016.18. Epub 2016 Mar 16. PMID: 26982597
  • Enhanced liver fibrosis score predicts transplant-free survival in primary sclerosing cholangitis. Vesterhus M, Hov JR, Holm A, Schrumpf E, Nygård S, Godang K, Andersen IM, Naess S, Thorburn D, Saffioti F, Vatn M, Gilja OH, Lund-Johansen F, Syversveen T, Brabrand K, Parés A, Ponsioen CY, Pinzani M, Färkkilä M, Moum B, Ueland T, Røsjø H, Rosenberg W, Boberg KM, Karlsen TH. Hepatology. 2015 Jul;62(1):188-97. doi: 10.1002/hep.27825. Epub 2015 Apr 28. PMID: 25833813
  • Association Between HLA Haplotypes and Increased Serum Levels of IgG4 in Patients With Primary Sclerosing Cholangitis. Berntsen NL, Klingenberg O, Juran BD, Benito de Valle M, Lindkvist B, Lazaridis KN, Boberg KM, Karlsen TH, Hov JR. Gastroenterology. 2015 May;148(5):924-927.e2. doi: 10.1053/j.gastro.2015.01.041. Epub 2015 Feb 2. PMID: 25655558 Free PMC article.
  • Effects of coffee consumption, smoking, and hormones on risk for primary sclerosing cholangitis. Andersen IM, Tengesdal G, Lie BA, Boberg KM, Karlsen TH, Hov JR. Clin Gastroenterol Hepatol. 2014 Jun;12(6):1019-28. doi: 10.1016/j.cgh.2013.09.024. Epub 2013 Sep 25. PMID: 24076415
  • Dense genotyping of immune-related disease regions identifies nine new risk loci for primary sclerosing cholangitis. Liu JZ, Hov JR, Folseraas T, Ellinghaus E, Rushbrook SM, Doncheva NT, Andreassen OA, Weersma RK, Weismüller TJ, Eksteen B, Invernizzi P, Hirschfield GM, Gotthardt DN, Pares A, Ellinghaus D, Shah T, Juran BD, Milkiewicz P, Rust C, Schramm C, Müller T, Srivastava B, Dalekos G, Nöthen MM, Herms S, Winkelmann J, Mitrovic M, Braun F, Ponsioen CY, Croucher PJ, Sterneck M, Teufel A, Mason AL, Saarela J, Leppa V, Dorfman R, Alvaro D, Floreani A, Onengut-Gumuscu S, Rich SS, Thompson WK, Schork AJ, Næss S, Thomsen I, Mayr G, König IR, Hveem K, Cleynen I, Gutierrez-Achury J, Ricaño-Ponce I, van Heel D, Björnsson E, Sandford RN, Durie PR, Melum E, Vatn MH, Silverberg MS, Duerr RH, Padyukov L, Brand S, Sans M, Annese V, Achkar JP, Boberg KM, Marschall HU, Chazouillères O, Bowlus CL, Wijmenga C, Schrumpf E, Vermeire S, Albrecht M; UK-PSCSC Consortium; Rioux JD, Alexander G, Bergquist A, Cho J, Schreiber S, Manns MP, Färkkilä M, Dale AM, Chapman RW, Lazaridis KN; International PSC Study Group; Franke A, Anderson CA, Karlsen TH; International IBD Genetics Consortium. Nat Genet. 2013 Jun;45(6):670-5. doi: 10.1038/ng.2616. Epub 2013 Apr 21. PMID: 23603763 Free PMC article.

 

Publisert 4. feb. 2014 15:41 - Sist endret 4. mars 2024 14:15

Kontakt

Gruppeleder

Deltakere

Detaljert oversikt over deltakere