Selvlysende tuberkuloseproteiner

Første steg av forskningsprosjektet er fullført. 18 gener fra tuberkulosebakterier har blitt tilpasset og satt inn i E. coli, som nå er klar til å fungere som proteinfabrikk.

Bildet kan inneholde: grønn, svart, lys, mønster, nærbilde.

Antibiotikatransportørene jeg vil studere er proteiner som sitter i membranen til tuberkulosebakterier. Siden tuberkulosebakterier gror og deler seg relativt sakte, vil jeg heller utnytte den hurtigvoksende E. coli for å studere transportørene. Alle levende organismer bruker samme ”genetiske kode” - jeg kan for eksempel kan ta et gen fra et menneske og sette det inn i en bakterie. Eller enda enklere, ta et gen fra tuberkulosebakterier og sette det inn i E. coli-bakterier.

24 Mykobakteriegener

For å lykkes bruker jeg en taktikk der jeg starter med mange beslektede gener, i dette tilfellet 24. Disse kommer fra tuberkulose og tuberkulose-slektninger, kollektivt kalt Mykobakterier. Forhåpentligvis er det en håndfull av disse genene som er relativt lette å jobbe med. Jeg startet med 24 gener, 5 falt av lasset under syntese, og 1 falt av lasset under DNA-prepareringen.

Prosessen innebærer klipping og liming av DNA, og siden DNA er mikroskopisk smått må jeg jobbe i blinde helt til jeg får sjekket resultatet. Etter litt prøving og feiling har jeg endelig fått 18 gener satt inn i E. coli.

E. coli som proteinfabrikk

Gener er oppskrifter på proteiner. Nå som jeg har gitt E. coli gen-oppskriftene, kan jeg få dem til å produsere proteinene de koder for. Selv om vi vet hva bakteriene trenger for å gro og produsere proteiner generelt, varierer det hvilke mengder næring og mineraler vi trenger i vekstmediet for at prosessen skal fungere optimalt.

Selvlysende proteiner fra maneter

For å kunne sjekke hvilke næringssammensetninger som fungerer for de ulike proteinproduksjonene, har jeg alle proteinene mine koblet til grønt fluorescerende protein (GFP). Dette er et gen overført fra selvlysende maneter, og vil også gjøre mine proteiner selvlysende. Ved å først gro E. coli i små volum vekstmedie, og måle mengde GFP, kan jeg se under hvilke betingelser jeg får høyest proteinproduksjon. Jeg kan så bruke den informasjonen til å lage store mengder med protein for videre studier.

 

E. coli med ulike GFP-fusjonsproteiner på LB+IPTG-plate

 

 

Publisert 25. aug. 2020 11:40 - Sist endret 7. sep. 2020 13:24