Senteret ledes av et styre som har ansvar for å overvåke senterets virksomhet og godkjenne viktige strategiske beslutninger, inkludert forskningsplaner og budsjett. Direktøren er ansvarlig for å lede senterets forskningsgrupper, infrastrukturplattformer, administrative team og utviklingen av forskningsstrategien. Styret og direktøren samarbeider tett for å fremme forskning innen molekylær biovitenskap og medisin.
NCMBMs Scientific Advisory Board (SAB) spiller også en sentral rolle i senterets utvikling. SAB gir faglige og strategiske råd til direktøren, og vurderer senterets forskningsaktiviteter, kvaliteten på de vitenskapelige prosjektene og muligheter for internasjonalt samarbeid.
