English version of this page

Molekylær immunologi ved reseptor- og transkriptomisk analyse

Et transkript (RNA) er en oversatt versjon av en kode som er lagret i DNA, og som blant annet danner grunnlaget for proteiner. Vi bruker ny teknologi for å studere RNA og å kartlegge immunreaksjoner i enkeltcellene.

I en celle kan det være titusenvis av RNA-molekyler, med ulik oppbygning og kompleksitet. Den samlede mengden RNA i en celle, i et vev eller i en organisme kalles transkriptom.

I motsetning til DNA-genomet som er stabilt, bruker celler transkriptom til å regulere sin aktivitet. Karakterisering av transkriptom kan gi oss et bilde av funksjonen til vevet eller cellene vi studerer.

Enkeltcellet transkriptomikk er en kraftfull ny teknologi, som omfatter teknikker som gjør at vi kan undersøke alle varianter av RNA i en celle samtidig. Vi bruker dette verktøyet for å karakterisere responser fra det ervervede immunsystemet på enkeltcelle-nivå.

Vi har utviklet to ulike metoder. Den ene dekker transkript i full lengde av noen få hundre celler av gangen. Den andre er en såkalt high-throughput-metode som kan sekvensere tusener av celler i ett enkelt eksperiment.

I vår gruppe har vi både biologer i våtlab og bioinformatikere som produserer og analyserer store mengder data.

Prosjekter

  • Karakterisere gluten-spesifikke sykdomsfremkallende CD4+-T-celler i cøliaki. Full-lengde transkript-dekning inkludert T-cellereseptor-informasjon av sorterte enkeltceller gjennom Smart-Seq2-protokoll.
  • Sekvensering av encellet T-cellereseptor og transkriptomikk av CD3+-T-celler i bronkialskyllevæske fra pasienter med idiopatisk lungefibrose (lungefibrose uten kjent årsak).
  • High-throughput enkeltcellet transkriptomikk av immunceller hos torsk for å karakterisere det unike immunsystemet i fravær av MHC klasse II og CD4+-T-celler.
Publisert 6. nov. 2017 13:02 - Sist endret 22. juni 2020 12:06