Gjennom samarbeidsavtalen tas det sikte på å
- fremme det felles faglige og vitenskapelige miljø
- sikre at det enkelte universitetssykehus legger til rette for undervisning og andre tjenester for universitetet
- sikre at Universitetet i Oslo ved Det medisinske fakultet legger forholdene til rette for optimal bruk av fakultetets ressurser til forskning og undervisningsformål i universitetssykehusene
Ved OUS er sykehus- og universitetsorganisasjonen i stor grad overlappende. Instituttet følger sykehusets klinikkstruktur, og overlapper til dels også avdelingsstrukturen i klinikkene.
Ved Ahus er universitetsvirksomheten organisert i tre UiO-klinikker på tvers av sykehusorganisasjonen.