To forskere ved Avdeling for biostatistikk kunne nylig juble over tildeling av FRIPRO-midler fra Norges Forskningsråd.
Førsteamanuensis Valeria Vitelli får 12 millioner kroner til å kombinere bruk av flere datasett, statistikk og genanalyser for å påvise kreft. Overingeniør Harry Thorpe får 5,88 millioner kroner til et prosjekt innen resistens mot antibiotika, hvor han skal se på hvordan plasmider utvikler og sprer seg.
Instituttleder Philippe Collas er fornøyd med nyheten.
– Gratulerer så mye til våre to dyktige forskere. Dette er viktige forskningsfelt, og veldig gledelige nyheter for IMB, sier han.
Grunnforskning er viktig for å videreutvikle metodikk
Vitelli forteller hvor glad hun er for anerkjennelsen det er å få en slik tildeling.
– Å få FRIPRO-midler er helt essensielt for at jeg kan styrke forskningsagendaen min og bygge opp en sterk forskningsgruppe. Men ser man bredere på det, er det en avgjørende anerkjennelse av hvor viktig det er å finansiere grunnforskning for å videreutvikle metodikkene som er tilgjengelige for vitenskapen, sier hun.
Vitelli viser til at statistikk er grunnpilaren i beslutningsprosesser, og moderne datakilder blir stadig mer rotete og mer komplekse å forholde seg til. Derfor trenger vi avanserte statistiske metoder og maskinlæring for å holde tritt med utviklingen, spesielt innen biovitenskap, sier hun.
Vanskelig å klassifisere og overvåke plasmider
Harry Thorpe på sin side forklarer at resistens mot antibiotika er en alvorlig trussel mot folkehelsa, som er spådd å bli verre i fremtiden. I en rapport for noen år tilbake anslås det at om ikke vi gjør noe, vil i framtiden 10 millioner mennesker kunne dø hvert år av infeksjoner forårsaket av resistente bakterier, fordi vi mangler behandling.
En av de vanligste metodene som bakterier bruker for å kunne stå imot antibiotika, er å skaffe resistensgener.
– Disse ligger ofte på noen DNA-deler som heter plasmider. Plasmider utvikler seg raskt og kan spre seg mellom forskjellige bakteriestammer. Derfor blir det vanskelig for oss å klassifisere og overvåke dem, forteller Thorpe.
Jobber fram statistiske modeller og avanserte beregningsmetoder for maskinlæring
I Vitellis prosjekt, BRIDGE, handler det om å utvikle statistiske læringsmetoder for dataintegrasjon, både i sammenheng med genprøver, og for bedre å forstå hva mennesker foretrekker. Dagens biomedisinske data er komplekse, og de krever nye metoder for å forstå nyansene i datamaterialet, forteller forskeren. Det kan også være usikkerhet knyttet til resultater, som bør forstås på en mer robust og transparent måte.
– Vi skal jobbe med statistiske modeller og avanserte beregningsmetoder for maskinlæring. Vi håper også å kunne knytte disse til verktøy som kan brukes ute hos pasientene. For eksempel til bedre system for anbefalinger om behandling, eller at avgjørelser om behandling kan bli mer skreddersydd til hver enkelt pasient, sier Vitelli.
Vil forske på hvordan plasmider utvikler og sprer seg
I Thorpes prosjekt PEAK skal forskerne benytte seg av nye sekvenseringsteknologier og utvikle nye metoder til å forske på hvordan plasmider utvikler og sprer seg.
– Fokus blir på den viktige sykdomsfremkallende bakterien Klebsiella pneumoniae. Målet er å bruke de nye metodene og kunnskap til å forbedre overvåkningen, både i Klebsiella pneumoniae og andre bakteriestammer, sier han.
Hvert år blir mange syke av bakterien Klebsiella pneumoniae, og noen varianter står imot nesten alt av antibiotika. Verdens helseorganisasjon har den på «verstinglista» si.
Mange har denne bakterien i tarmene sine, uten at den gjør så mye av seg. Men i andre deler av kroppen kan den gi deg både lungebetennelse, hjernehinnebetennelse, urinveisinfeksjon og infeksjoner i blodbanene og leveren.
I en tidligere studie fant Thorpe og medforskere mer ut om hvordan disse kjipe variantene smitter.