Etter arten av de mikroorganismer den beskjeftiger seg med, kan medisinsk mikrobiologi inndeles i bakteriologi, virologi, mykologi og protozoologi.
Til medisinsk mikrobiologi hører også forebyggelse og bekjempelse av infeksjoner. Forebyggelse av infeksjoner omfatter bl.a. epidemiologisk overvåkning, hygiene og vaksinering. Bekjempelse av infeksjoner innbefatter testing av mikrobers følsomhet for antimikrobielle midler og veiledning i bruk av slike midler.