Om meg
Jeg er molekylærbiolog og bioinformatiker med doktorgrad i plantevitenskap og spesialisering innen molekylærbiologi, funksjonell genomikk og beregningsbasert analyse. Jeg utvikler og anvender reproduserbare arbeidsflyter for kvalitetskontroll, prosessering, integrering og fortolkning av komplekse biologiske datasett.
Arbeidet mitt omfatter RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C, CAGE, metagenomikk og integrert multiomikkanalyse. Jeg bruker R, Python og Bash i Linux- og HPC-miljøer, sammen med Git, Snakemake og Nextflow, for å utvikle dokumenterte, skalerbare og reproduserbare analysearbeidsflyter.
Jeg samarbeider tett med eksperimentelle forskere om studiedesign, datakvalitet, metodevalg og biologisk fortolkning. Jeg tilbyr også bioinformatisk veiledning og opplæring til forskere og studenter. Mine forskningsinteresser omfatter genregulering, epigenomikk, kromatinorganisering, transkripsjonelle nettverk og integrering av genomiske, transkriptomiske og proteomiske data.
Forskningsinteresser
- Funksjonell genomikk og transkripsjonsregulering
- Epigenomikk og kromatintilgjengelighet
- Tredimensjonal genomorganisering og enhancer-regulering
- CAGE-analyse og analyse av transkripsjonsstartsteder
- Integrering av multiomikk- og proteomikkdata
- Kreftbiologi, metabolsk forskning og celledifferensiering
- Reproduserbare bioinformatiske arbeidsflyter
Kompetanseområder
- Sekvensering og omikk: RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C, CAGE og metagenomikk
- Dataanalyse: R, Python, Bash og statistisk genomikk
- Forskningsinfrastruktur: Linux, HPC, Git/GitHub, Snakemake og Nextflow
- Datakvalitet: kvalitetskontroll av sekvenseringsdata, metadata, validering, dokumentasjon og reproduserbarhet
- Samarbeid og opplæring: analyseplanlegging, forskerstøtte, veiledning og opplæring