English version of this page

Mohamed Abdelhalim

Overingeniør - Stamcelleepigenetikk
Telefon +47 22 85 10 64
Brukernavn
Besøksadresse Sognsvannsveien 9 Domus Medica 0372 Oslo
Postadresse Postboks 1112 Blindern 0317 Oslo

Om meg

Jeg er molekylærbiolog og bioinformatiker med doktorgrad i plantevitenskap og spesialisering innen molekylærbiologi, funksjonell genomikk og beregningsbasert analyse. Jeg utvikler og anvender reproduserbare arbeidsflyter for kvalitetskontroll, prosessering, integrering og fortolkning av komplekse biologiske datasett.

Arbeidet mitt omfatter RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C, CAGE, metagenomikk og integrert multiomikkanalyse. Jeg bruker R, Python og Bash i Linux- og HPC-miljøer, sammen med Git, Snakemake og Nextflow, for å utvikle dokumenterte, skalerbare og reproduserbare analysearbeidsflyter.

Jeg samarbeider tett med eksperimentelle forskere om studiedesign, datakvalitet, metodevalg og biologisk fortolkning. Jeg tilbyr også bioinformatisk veiledning og opplæring til forskere og studenter. Mine forskningsinteresser omfatter genregulering, epigenomikk, kromatinorganisering, transkripsjonelle nettverk og integrering av genomiske, transkriptomiske og proteomiske data.

Forskningsinteresser

  • Funksjonell genomikk og transkripsjonsregulering
  • Epigenomikk og kromatintilgjengelighet
  • Tredimensjonal genomorganisering og enhancer-regulering
  • CAGE-analyse og analyse av transkripsjonsstartsteder
  • Integrering av multiomikk- og proteomikkdata
  • Kreftbiologi, metabolsk forskning og celledifferensiering
  • Reproduserbare bioinformatiske arbeidsflyter

Kompetanseområder

  • Sekvensering og omikk: RNA-seq, ATAC-seq, ChIP-seq, Hi-C, CAGE og metagenomikk
  • Dataanalyse: R, Python, Bash og statistisk genomikk
  • Forskningsinfrastruktur: Linux, HPC, Git/GitHub, Snakemake og Nextflow
  • Datakvalitet: kvalitetskontroll av sekvenseringsdata, metadata, validering, dokumentasjon og reproduserbarhet
  • Samarbeid og opplæring: analyseplanlegging, forskerstøtte, veiledning og opplæring

Publikasjoner

  • Nguyen, Xuan Thang; Martiensen, Emily Louise Beecher; Abdelhalim, Mohamed; Tran, Trung; Ledsaak, Marit & Rogne, Marie [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2026). Proteome-wide multi-omics profiling of osteosarcoma transcription factor networks. bioRxiv (preprint article). doi: 10.64898/2026.03.29.714917. Fulltekst i vitenarkiv
  • Aunan, Anine; Claeyssen, Charlotte; Abdelhalim, Mohamed & Ruzzin, Jerome Nicolas Marius (2026). Transcriptomic profiling of co-cultured cancer-host cells identifies hypoxia as a driver of the skeletal muscle cell’s anti-proliferative effect on cancer cells | Oncogenesis. Oncogenesis. doi: 10.1038/s41389-026-00601-9. Fulltekst i vitenarkiv
  • Pickering, Sarah Jai Hazell; Galigniana, Natalia Maricel; Abdelhalim, Mohamed; Sørensen, Anita Løvstad; Madsen-Østerbye, Julia-Kristina & Zucknick, Manuela [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2026). Multimodal epigenetic and enhancer network remodeling shape the transcriptional landscape of human beige adipocytes. Communications Biology. doi: 10.1038/s42003-025-09469-8. Fulltekst i vitenarkiv
  • Rossini, Roberto; Oshaghi, Mohammadsaleh; Nekrasov, Maxim; Bellanger, Aurélie Nathalie Pascale; Domaschenz, Renae & Dijkwel, Yasmin [Vis alle 13 forfattere av denne artikkelen] (2025). Loss of multilevel 3D genome organization during breast cancer progression. Genome Research. ISSN 1088-9051. s. 1–18. doi: 10.1101/gr.280791.125. Fulltekst i vitenarkiv
  • Galigniana, Natalia Maricel; Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Collas, Philippe & Sæther, Thomas (2024). Transcriptional and Metabolic Changes Following Repeated Fasting and Refeeding of Adipose Stem Cells Highlight Adipose Tissue Resilience. Nutrients. 16(24). doi: 10.3390/nu16244310. Fulltekst i vitenarkiv
  • Pickering, Sarah Jai Hazell; Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Collas, Philippe & Briand, Nolwenn (2024). Alternative isoform expression of key thermogenic genes in human beige adipocytes. Frontiers in Endocrinology. 15. doi: 10.3389/fendo.2024.1395750. Fulltekst i vitenarkiv
  • Benarroch, Louise; Madsen-Østerbye, Julia-Kristina; Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Mamchaoui, Kamel; Ohana, Jessica & Bigot, Anne [Vis alle 10 forfattere av denne artikkelen] (2023). Cellular and Genomic Features of Muscle Differentiation from Isogenic Fibroblasts and Myoblasts. Cells. 12(15). doi: 10.3390/cells12151995. Fulltekst i vitenarkiv
  • Madsen-Østerbye, Julia-Kristina; Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Pickering, Sarah Jai Hazell & Collas, Philippe (2023). Gene Regulatory Interactions at Lamina-Associated Domains. Genes. 14(2), s. 1–15. doi: 10.3390/genes14020334. Fulltekst i vitenarkiv
  • Rossini, Roberto; Oshaghi, Mohammadsaleh; Nekrasov, Maxim; Bellanger, Aurelie Nathalie Pascale; Domaschenz, Renae & Dijkwel, Yasmin [Vis alle 10 forfattere av denne artikkelen] (2023). Multi-level 3D genome organization deteriorates during breast cancer progression. BioRxiv. ISSN 0362-4331. doi: 10.1101/2023.11.26.568711. Fulltekst i vitenarkiv
  • Fracassi, C; Ugge', M; Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Zapparoli, E; Simoni, M & Magliulo, D [Vis alle 11 forfattere av denne artikkelen] (2023). PML modulates epigenetic composition of chromatin to regulate expression of pro-metastatic genes in triple-negative breast cancer. Nucleic Acids Research (NAR). ISSN 0305-1048. 51(20), s. 11024–11039. doi: 10.1093/nar/gkad819. Fulltekst i vitenarkiv
  • Madsen-Østerbye, Julia-Kristina; Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Baudement, Marie-Odile & Collas, Philippe (2022). Local euchromatin enrichment in lamina-associated domains anticipates their repositioning in the adipogenic lineage. Genome Biology. ISSN 1465-6906. 23(1), s. 1–19. doi: 10.1186/s13059-022-02662-6. Fulltekst i vitenarkiv
  • Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Brurberg, May Bente; Hofgaard, Ingerd Skow; Rognli, Odd Arne & Tronsmo, Anne Marte (2020). Pathogenicity, host specificity and genetic diversity in Norwegian isolates of Microdochium nivale and Microdochium majus. European journal of plant pathology. ISSN 0929-1873. 156(3), s. 885–895. doi: 10.1007/s10658-020-01939-5. Fulltekst i vitenarkiv
  • Abdelhalim, Mohamed; Rognli, Odd Arne; Hofgaard, Ingerd Skow; Østrem, Liv & Tronsmo, Anne Marte (2016). Snow mould resistance under controlled conditions and winter survival in the field in populations of perennial ryegrass, meadow fescue and Festulolium are partly dependent on ploidy level and degree of northern adaptation. Canadian Journal of Plant Science. ISSN 0008-4220. 96(4), s. 579–589. doi: 10.1139/cjps-2015-0259. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kovi, Mallikarjuna Rao; Abdelhalim, Mohamed; Kunapareddy, Anil; Ergon, Åshild; Tronsmo, Anne Marte & Brurberg, May Bente [Vis alle 9 forfattere av denne artikkelen] (2016). Global transcriptome changes in perennial ryegrass during early infection by pink snow mould. Scientific Reports. 6:28702. doi: 10.1038/srep28702. Fulltekst i vitenarkiv

Se alle arbeider i NVA

  • Tronsmo, Anne Marte; Abdelhalim, Mohamed; Brurberg, May Bente; Ergon, Åshild; Hofgaard, Ingerd Skow & Rao, Kovi Mallikarjuna (2014). Mitigating the risk of snow mould damage in high yielding grass species adapted for future climate. Third Nordic International Conference on Climate Change Adaptation, Adapting to Change: From Research to Decision-making. Copenhagen, Denmark. 25-27. August 2014. Abstracts. Fulltekst i vitenarkiv
  • Tronsmo, Anne Marte; Abdelhalim, Mohamed; Brurberg, May Bente; Ergon, Åshild; Hofgaard, Ingerd Skow & Rao, Kovi Mallikarjuna (2014). Mitigating the risk of snow mould damage in high yielding grass species adapted for future climate. Fulltekst i vitenarkiv
  • Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Kovi, Mallikarjuna Rao; Brurberg, May Bente; Ergon, Åshild; Rognli, Odd Arne & Tronsmo, Anne Marte (2014). Quantification of fungal biomass by qPCR and the expression of disease resistance genes during early infection by Microdochium nivale. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kovi, Mallikarjuna Rao; Ergon, Åshild; Kunapareddy, Anil; Abdelhalim, Mohamed; Asp, Torben & Tronsmo, Anne Marte [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2013). Transcriptome analysis of infected perennial ryegrass with M.nivale through RNA Seq. approach. Fulltekst i vitenarkiv
  • Kovi, Mallikarjuna Rao; Ergon, Åshild; Kunapareddy, Anil; Abdelhalim, Mohamed; Asp, Torben & Tronsmo, Anne Marte [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2013). Global transcriptome changes in perennial ryegrass during early infection by pink snow mould. Fulltekst i vitenarkiv
  • Abdelhalim, Mohamed; Ergon, Åshild; Kovi, Mallikarjuna Rao; Kunapareddy, Anil; Brurberg, May Bente & Hofgaard, Ingerd [Vis alle 8 forfattere av denne artikkelen] (2012). Gene expression analysis of perennial ryegrass (Lolium perenne L.) during pink snow mould infection. Fulltekst i vitenarkiv
  • Abdelhalim, Mohamed Ibrahim Mohamed; Tronsmo, Anne Marte; Rognli, Odd Arne; Brurberg, May Bente; Hofgaard, Ingerd Skow & Marum, Petter [Vis alle 7 forfattere av denne artikkelen] (2016). Snow mould resistance in perennial grasses for future climates. Norges miljø- og biovitenskapelige universitet (NMBU). Fulltekst i vitenarkiv

Se alle arbeider i NVA

Publisert 5. okt. 2020 14:02 - Sist endret 16. sep. 2026 10:51