Tid og sted for prøveforelesning
Se prøveforelesning.
Bedømmelseskomité
- 1. opponent: Professor Heike Bickeböller, Department of Genetic Epidemiology, University of Göttingen, Göttingen, Germany
- 2. opponent: Professor Stefan Johansson, Center for Medical Genetics and Molecular Medicine, Haukeland University Hospital, Bergen
- 3. medlem av bedømmelseskomiteen: Professor Tom Hemming Karlsen, Division of Surgery, Inflammatory Medicine and Transplantation, Instititute of Clinical Medicin, Faculty of Medicin, University of Oslo
Disputasleder
Professor Petter Laake, Avdeling for biostatistikk, Institutt for medisinske basalfag, Det medisinske fakultet, Universitetet i Oslo
Hovedveileder
Bettina Kulle Andreassen, Kreftregisteret, Oslo
Sammendrag
I komplekse sykdommer spiller både genetiske og miljøfaktorer inn på sykdomsrisikoen, og det byr på utfordringer å identifisere de underliggende genetiske og epigenetiske faktorene. Denne avhandlingen omfatter flere temaer innen fagfeltet genetisk epidemiologi. Vi har utviklet, undersøkt og testet ulike metoder for identifisering av genetiske biomarkører i komplekse sykdommer og metoder for sammenslåing av flere genetisk markører.
Først prøvde vi å identifisere Multiple skleroses (MS) spesifikke biomarkører i DNA metylerings profilen til immunceller (CD4+ og CD8+ T celler), som så kunne brukes som biomarkører fra blod. Da vi sammenlignet DNA metylerings profilene mellom MS pasienter og friske kontroller, observerte vi at CD8+ T cellene hadde en høyere grad av metylering hos MS pasientene. Da vi jobbet med dette prosjektet så vi at gode verktøy for å identifisere regioner som er differensielt metylert manglet. Derfor utviklet vi en ny metode (DMRScan) som kan effektivt identifisere regioner uten å rapportere for mange falske positive funn. Simuleringer viser at vår metode i tillegg har bedre styrke enn eksisterende metoder. Vi implementerte metoden i det populære beregningsverktøyet R.
Vi har også studert styrken til den nylig introduserte Exome Chipen, som genotyper en andel sjeldne varianter. Siden sjeldne varianter har potensialet til å forklare deler av arveligheten til komplekse sykdommer, undersøkte vi styrke under ulike simulerte senarioer. Ved bruk av standard metoder for sjeldne varianter og under optimale betingelser vil en kohort størrelse på noen få ti-tusen talls deltagere være tilstrekkelig. Men når den forventede effekten av de sjeldne variantene er mindre enn antatt, eller færre varianter innenfor et område er relevante, øker antallet individer man må inkludere.
For mer informasjon
Kontakt gruppe for forskerutdanning.