Hvordan få mer ut av hjerneforskningen?

Det forskes mye og intenst på hjernen – vårt mest komplekse organ. Vi har utviklet en database som skal gjøre det lettere å sammenligne data fra forskjellige studier.

Det publiseres mye data om hjernen, men dårlig standardisering kan gjøre det vanskelig å sammenligne funn og å finne svar. Foto: Nicolas Antille, Human Brain Project.

Hjernen er bygget opp av milliarder av celler. De er organisert i større og mindre områder og danner funksjonelle nettverk gjennom intrikate forbindelser. En viktig målsetting for anatomisk grunnforsking er å forstå hjernens arkitektur, fra de ørsmå synapsene som skaper kontaktpunkter mellom celler til de tykke nervebanene som forbinder hjerneområder.

For å forstå hjernens funksjon og sårbarhet for sykdom er det viktig at vi også forstår oppbygningen av hvert område og hver celletype. Men selv enkle spørsmål, som for eksempel: «hvor mange celler finnes i dette hjerneområdet», er vanskelige å finne svar på i den eksisterende forskningslitteraturen. For selv om antallet tilgjengelige artikler stadig øker, blir det ikke nødvendigvis enklere å finne gode svar.

Rapporteringen av forskningsdata er i liten grad standardisert, noe som gjør det krevende å sammenligne resultater fra to eller mange studier.

The Human Brain Project skal bidra til bedre svar

Hvordan kan vi gjøre noe med det? The human Brain Project (HBP) er Europas største hjerneforskningsprosjekt, og har som mål å øke forståelsen av hjernens struktur og funksjon. Prosjektet har levert EBRAINS, en ny stor europeisk forskningsinfrastruktur, som med nye verktøy og tjenester setter forskerne i stand til å dele, finne og utnytte data på en bedre måte.

Vi har etablert en database som skal gjøre det lettere å finne og å sammenligne informasjon fra ulike studier. Der har vi samlet kvantitative data om ulike celler i hjernen på en standardisert måte. Vi gjorde flere litteratursøk og inkluderte over 1000 resultater fra omtrent 250 artikler.

For å kunne avgjøre hvorvidt tall fra ulike studier kan sammenlignes må mange biter med informasjon vurderes. Informasjon om dataene og metodene som ble brukt for å skape dem kaller vi gjerne metadata. Hva var dyrenes kjønn og alder, og hvor mange dyr ble inkludert? Hvordan ble hjernen behandlet for å fremheve anatomiske detaljer, hvilket område av hjernen ble undersøkt og hvordan ble dette definert? Hvilke metoder ble brukt for å telle?

Videre må man selvsagt ha grunnleggende informasjon om hva slags enhet tallene angis i. Gjelder tallet for en kvadratmillimeter, en kubikkmillimeter, eller er det et estimat for et helt område av hjernen? For sistnevnte (estimater for hele områder), er det for eksempel essensielt å vite om tallet er gyldig for en side av hjernen eller begge.

Det kan kanskje virke som en selvfølge at denne typen informasjon rapporteres, men vi fant at overraskende mange studier mangler grunnleggende informasjon.

I en del tilfeller tok vi kontakt med forfattere av artikler der vi manglet kritiske metadata. Enkelte var sjokkerte over å selv ha glemt å rapportere informasjonen, andre virket nesten irriterte over å bli spurt om små detaljer lenge etter at en artikkel var publisert. Kun en brøkdel var i stand til å gi oss informasjonen i ettertid.

Hvordan kan det ha seg at fagfellevurderte artikler så ofte mangler informasjonen som en uavhengig forsker trenger for å tolke dataene? En forklaring kan være det økende publiseringspresset, og at det fokuseres mer på å fortelle en interessant historie om dataene, enn på å rapportere alle detaljer om hvordan de ble produsert og analysert.

Vårt studium viser at dette har store konsekvenser for mulighetene til å sammenstille og sammenligne informasjon på tvers av artikler. For at forskningsdata skal ha relevans og verdi utover å svare på et spesifikt spørsmål adressert i en gitt artikkel, er det et klart behov for å forbedre og standardisere rapportering. Vi ønsker at våre funn bidrar til å rette søkelyset mot dette behovet.

HBP utvikler nå konvensjoner for rapportering og organisering av metadata som vil gjøre det lettere å dele og å finne nye forskningsdata. For allerede publisert informasjon, håper vi at databasen vi har etablert skal gjøre det enklere for andre hjerneforskere å finne og sammenligne informasjon fra ulike studier.

Les mer om databasen vi har laget i artikkelen publisert i Scientific Data.

Abonner på varsling av nye blogginnlegg

Av Ingvild Elise Bjerke
Publisert 16. okt. 2020 20:20 - Sist endret 17. okt. 2020 12:51
Lege undersøker et barns tunge

Medisinbloggen

En fagblogg fra Det medisinske fakultet, UiO.

Har du tips til temaer på bloggen? Send e-post til medisinbloggen@medisin.uio.no

Ønsker du beskjed når det kommer nye innlegg?
Abonner på oppdatering her