Tjenester
Kjernefasiliteten tilbyr en bred portefølje av tjenester innenfor bioinformatikk og datahåndtering, samt en helpdesk funksjon som er knyttet opp mot ELIXIR Norge.
På analysesiden utfører vi en rekke standard, samt mer spesialtilpassede, tjenester. Dette spenner fra sekvensdataanalyse med kvalitetskontroll og mapping mot ønsket referansegenom til utvikling av analysestrategier for et gitt prosjekt.
Vi tilbyr også konsultasjonstjenester med tanke på prosjektdesign, samt lagring og analyse av sensitive data.
Videre har vi dyktige data stewards som kan veilede og støtte ved utarbeidelse av datahåndteringsplaner som forventes av bl.a. Norges forskningsråd.
Eksempler på tjenester vi vil nevne:
- Variantpåvisning i eksomdata fra tumor og normalt vev
- Differensiell ekspresjonsanalyse med to eller flere grupper
- Proteinstrukturmodellering og -analyse
- Single-cell RNA-analyse med og uten proteinmarkører
- Genom-assembly fra long-read data
- Tilgang til databaser og nettjenester
- Oppsett av datahåndteringsplan for nytt prosjekt
- Konsultasjon på beste-praksis
- Konsultasjon på håndtering av sensitive data
Kontaktpunkter
ELIXIR helpdesken vår er knyttet opp mot ELIXIR Norge. Her kan du få teknisk støtte f.eks. ved bruk av nasjonale analyseplattformer som Galaxy, svar på spørsmål om spesifikk programvare og hjelp med datahåndtering.
Ønsker du konsultasjon vedrørende analyse kan du bruke vår digitale drop-in hver onsdag kl 14.30 – 15.30 eller ta kontakt på e-post.
Du kan også ta kontakt med lederne og koordinatorene direkte (se under).
Plassering
Kjernefasiliteten har to kontorer:
Institutt for kreftforskning Radiumhospitalet – OCCI bygget
Institutt for Informatikk, Universitetet i Oslo – gamle NEMKO bygget
Mer informasjon
Les mer om oss og hva vi kan tilby:
- Bioinformatikkfasiliteten (English)
- ELIXIR Norway (English)
Ledelse
- Eivind Hovig, Faglig leder
- Jon Kristen Lærdahl, Serviceleder
- Victor Michael Kalbskopf, Koordinator