English version of this page

Kjernefasilitet for bioinformatikk/ELIXIR helpdesk

Vi tilbyr tjenester knyttet til analyse og håndtering av biologiske data.

Tre grafer og plots fra forskjellige eksperimenter

Eksempler på visualisering av bioinformatiske data.

Tjenester

Kjernefasiliteten tilbyr en bred portefølje av tjenester innenfor bioinformatikk og datahåndtering, samt en helpdesk funksjon som er knyttet opp mot ELIXIR Norge.

På analysesiden utfører vi en rekke standard, samt mer spesialtilpassede, tjenester. Dette spenner fra sekvensdataanalyse med kvalitetskontroll og mapping mot ønsket referansegenom til utvikling av analysestrategier for et gitt prosjekt.

Vi tilbyr også konsultasjonstjenester med tanke på prosjektdesign, samt lagring og analyse av sensitive data.

Videre har vi dyktige data stewards som kan veilede og støtte ved utarbeidelse av datahåndteringsplaner som forventes av bl.a. Norges forskningsråd.

Eksempler på tjenester vi vil nevne:

  • Variantpåvisning i eksomdata fra tumor og normalt vev
  • Differensiell ekspresjonsanalyse med to eller flere grupper
  • Proteinstrukturmodellering og -analyse
  • Single-cell RNA-analyse med og uten proteinmarkører
  • Genom-assembly fra long-read data
  • Tilgang til databaser og nettjenester
  • Oppsett av datahåndteringsplan for nytt prosjekt
  • Konsultasjon på beste-praksis
  • Konsultasjon på håndtering av sensitive data

Kontaktpunkter

ELIXIR helpdesken vår er knyttet opp mot ELIXIR Norge. Her kan du få teknisk støtte f.eks. ved bruk av nasjonale analyseplattformer som Galaxy, svar på spørsmål om spesifikk programvare og hjelp med datahåndtering. 

Ønsker du konsultasjon vedrørende analyse kan du bruke vår digitale drop-in hver onsdag kl 14.30 – 15.30 eller ta kontakt på e-post

Du kan også ta kontakt med lederne og koordinatorene direkte (se under). 

Plassering

Kjernefasiliteten har to kontorer: 
Institutt for kreftforskning Radiumhospitalet – OCCI bygget 
Institutt for Informatikk, Universitetet i Oslo – gamle NEMKO bygget 

Mer informasjon

Les mer om oss og hva vi kan tilby:

Ledelse

Bakerst, fra venstre: Monica Hongrø Solbakken, Joshua Baskaran, Eivind Hovig og Fabian L. M. Bernal. I midten: Sveinung Gundersen, Pável Vázquez Faci, Nazeefa Fatima og Jon K. Lærdahl. Foran: Tina Visnovska, Morten Johansen og Annbjørg Barbakken. Jeanne Cheneby og Federico Bianchini var ikke tilstede da bildet ble tatt. Foto: Monica Solbakken.
Publisert 26. feb. 2016 10:48 - Sist endret 21. feb. 2024 11:38